Organisasi dan tata kelola Universitas Sumatera Utara (USU) ditetapkan dengan Peraturan Majelis Wali Amanat (MWA) No. 16 Tahun 2016. Berikut adalah bagan struktur organisasi di lingkungan USU.

1. Organisasi Universitas
2. Pelaksana Akademik
3. Biro Akademik
4. Biro Kemahasiswaan dan Kealumnian
5. Biro Sumber Daya Manusia
6. Biro Keuangan
7. Biro Penelitian, Pengabdian kepada Masyarakat, dan Kerjasama
8. Biro Sistem Informasi, Perencanaan, dan Pengembangan
9. Biro Pengelolaan Aset dan Usaha
10. Sekretariat Universitas
11. Fakultas
12. Sekolah Pascasarjana
13. Unsur Penunjang dibawah Koordinasi Wakil Rektor I
14. Unsur Pelaksana Akademik dibawah Koordinasi Wakil Rektor III
15. Unsur Pelaksana Akademik dibawah Koordinasi Wakil Rektor IV
16. Unsur Penunjang dibawah Koordinasi Wakil Rektor V
17. Lembaga Penelitian
18. Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat
19. Perpustakaan